Γύρω στα 1861 μ.Χ. ιδρύθηκαν στην Κωνσταντινούπολη δύο Κοινότητες, μια ανδρών και μια γυναικών από τον Ιερέα Υάκινθο Μαραγκό, με μόνο κίνητρο τον πόθο για την Ένωση των δύο Αδελφών Εκκλησιών. Από το 1877 σχηματίζεται η πρώτη Ιερατική Κοινότητα της Αγίας Τριάδος. Στις 11 Ιουνίου 1911, με Διάταγμα του Αγίου Πάπα Πίου Ι’ ιδρύεται η Αποστολική Εξαρχία Κωνσταντινουπόλεως, με πρώτο Ιεράρχη τον Ησαΐα Παπαδόπουλου, που χειροτονήθηκε Επίσκοπος στον Άγιο Αθανάσιο Ρώμης στις 21 Ιανουαρίου 1912. Δύο σχολές υπό την προστασία της Οδηγήτριας, μία για αγόρια και μία για κορίτσια, υπό τη διεύθυνση των Μοναχών της Παμμακαρίστου Θεοτόκου, με 200-300 μαθητές/τριες. Με την Μικρασιατική καταστροφή, οι Πατέρες της Κοινότητος ακολουθούν τους πρόσφυγες πιστούς των στην Ελλάδα. Εγκατάσταση στην Αθήνα. Άμεση λειτουργία Ορφανοτροφείου “Άγιος Ιωάννης ο Ελεήμων” με εσωτερικό παρεκκλήσιο προς τιμήν της Αγίας Τριάδος. Το 1930 οικοδομείται το κτίριο της οδού Αχαρνών, όπου στεγάζονται ο Επίσκοπος Γεώργιος Χαλαβαζής με τους Ιερείς του και τα ορφανά. Παράλληλα, λειτουργεί και Ιεροσπουδαστήριο. Ταυτόχρονα, οικοδομούνται στην περιοχή “Θυμαράκια” Κάτω Πατησίων δύο κτίρια όπου στεγάζονται 25 οικογένειες Προσφύγων. Στην Κωνσταντινούπολη, παραμένει η Αποστολική Εξαρχία, με Έξαρχο των Επίσκοπο Διονύσιο Βαρούχα, ενώ στην Αθήνα, ιδρύεται η Ελληνική Καθολική Εξαρχία το 1932, με Έξαρχο τον Επίσκοπο Γεώργιο Χαλαβαζή. Με πρωτοβουλία του οικοδομείται στην οδό Ιακωβάτων η Ιερά Μονή της Παμμακαρίστου Θεοτόκου, για τη μόρφωση νεανίδων. Στην οδό Θεμιστοκλέους, ιδρύεται η πρώτη Εστία Εργαζομένου Κοριτσιού, με διευθύντρια την Αδελφή Ελένη Καπάρη. Με το τέλος του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, μεταφέρονται στην Παμμακάριστο οι τραυματίες των αδελφοκτόνων συγκρούσεων του 1944. Το κτίριο των Μοναχών μετατρέπεται σε Νοσοκομείο, υπό την προστασία της Παμμακαρίστου Θεοτόκου, και με τίτλο: Νοσοκομείο της Θείας Πρόνοιας “Η Παμμακάριστος”. Από το 1947, λειτουργεί η Στέγη Φοιτητού “Παναγία η Οδηγήτρια”, με συνιδρυτές τους Πατέρες Ειρηναίο Τυπάλδο και Ιωάννη Λαμπρίδη. Στις περίπου επτά δεκαετίες της ιστορίας της, περίπου 5.000 φοιτητές, από όλη την Ελλάδα, φιλοξενήθηκαν σ’ αυτή τη Στέγη. Από το 1953, εξ αιτίας των σεισμών, κτίζεται στη Ν. Μάκρη Αττικής Στέγη για σεισμόπληκτα κορίτσια Σαντορίνης και Ιονίων νήσων, από την Ι. Μονή της Παμμακαρίστου Θεοτόκου και με Διευθύντρια την Αδελφή Μαρίνα Κουμάντου. Το 1959, με άδεια του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων γίνεται η μεταφορά του Ι. Ναού Αγίας Τριάδος από το εσωτερικό του κτιρίου της οδού Αχαρνών στο οικόπεδο της Ελληνικής Καθολικής Εξαρχίας. Επίσημος τίτλος: Ελληνόρρυθμος Καθολικός Ι. Ναός Αγίας Τριάδος.
Στην Κεντρική Μακεδονία, με πρωτοβουλία των δημογερόντων, γύρω στα 1859, του δασκάλου και του Εφημερίου της πόλεως Κιλκίς, σύσσωμη η πόλη τίθεται υπό την προστασία της Καθολικής Εκκλησίας. Οι Πατέρες Λαζαριστές, με την άδεια του Αποστολικού Νουντσίου Κωνσταντινουπόλεως, αναλαμβάνουν την διαποίμανση των πιστών. Οι Αδελφές του Ελέους φροντίζουν τη μόρφωση των παιδιών και την περίθαλψη των ασθενών. Από το 1860 μέχρι το 1870, πολλές πόλεις και χωριά της Κ. Μακεδονίας ακολουθούν το παράδειγμα του Κιλκίς. Η Ρώμη δέχεται με επιφυλάξεις το γεγονός και αφήνει τους ιδίους εφημερίους στη θέση τους. Οι Πατέρες Λαζαριστές αναλαμβάνουν την κατηχητική και πνευματική μόρφωση του Κλήρου. Οι Αδελφές του Ελέους οργανώνουν μέγα Νοσοκομείο στα Γιαννιτσά. Με άδεια της Υψηλής Πύλης το 1859 οικοδομείται στα Γιαννιτσά ο Ι. Ναός των Αγίων Αποστόλων Πέτρου και Παύλου. Κοντά στο Ναό, λειτουργεί και σχολείο για μικρά παιδιά. Εξ αιτίας συνεχών διώξεων του Ελληνικού στοιχείου στην Ανατολική Θράκη, μετά την απελευθέρωση της Μακεδονίας από τον Ελληνικό Στρατό, (1912-1920) συρρέουν εκεί χιλιάδες Έλληνες Πρόσφυγες, που εντάσσονται στις Καθολικές Ενορίες. Με τις Συνθήκες Γενεύης-Λοζάνης, γίνεται η ανταλλαγή των πληθυσμών μεταξύ Ελλάδος, Τουρκίας και Βουλγαρίας. Πολλοί ντόπιοι Καθολικοί Μακεδόνες, φοβούμενοι φυλετικές διακρίσεις εκ μέρους της Ελλάδος λόγω της γλώσσας των (όμοια με τη γλώσσα των Σκοπίων) μετατοπίζονται στα Σκόπια και τη Βουλγαρία. Έτσι, μετά το 1920, από όλη την Κ. Μακεδονία, παραμένει Καθολική η Κοινότητα των Γιαννιτσών.